メーカーが設定した機能を変更するわけですから、メーカーとしてはどうしても「保証できない」という回答になってしまいます。しかし、今まで「夜間運転→昼間運転」の変更でトラブルになった例は一度もありません。

また、「保証できない」とのことですが、SUN給プランに該当するご家庭(＝卒FITを迎えたご家庭)のエコキュートはすでに保証期間を終了している場合が多いです。一度確認してみてください。